logoGuilloの出力を加工してくれるperlスクリプトが公開されていました。有り難う御座います。
つれづれ～努力と根性？～：続・TDFM2EVFR的な何か
logoGuilloの出力をシーンチェンジ検出と自動VFR用のfps判定を考慮して加工してくれるようです。
15秒単位でのシーンチェンジ検出を行う事で、本編->提供->CMの流れでのロゴ無し提供画面の取りこぼしを防止しているらしい。
＊詳細はリンク先で確認して下さい。
ニュースや映画等では提供画面がCMの途中に単独で存在したりCM明け前に挿入されていたりする場合もあるので、アニメ向けでしょうか。
私はどんな番組でも妥協して24fpsか30fpsのCFRに押し込んでしまいますが、VFRを使えば自動で完成度の高いファイルを作成できそうです。